2092年、超広域複合現実都市「新京都」。他人の感情を「ノイズ」として認識してしまう特殊な体質を持つデバッガー、結城サキ。彼女はその「静かな精神」ゆえに孤立し、会社からは厄介者扱いされていた。 ある日、大規模なデータ汚染の責任を負わされ、彼女は死の都と噂される完全封鎖区域「サイト・ゼロ」への単独調査を命じられる。それは、事実上の死刑宣告だった。 絶対的な静寂と、思考すら喰らう「無」のドメインが支配する廃墟で、サキは災害の真相に迫る。だが、彼女のその類稀なる「静寂」こそが、この世ならざる怪異にとって最高の「餌」であることを、まだ知らなかった。