青春の香りを再現するディフューザーを持つ高校生の「僕」は、亡き母の匂いを取り戻そうと化学部で研究を続けていた。ある日、謎の「青春抽出装置」を起動すると、白いワンピースの少女「アオ」が現れる。彼女は僕の青春の化身であり、青春が終わると消えてしまう運命だと告げる。僕はアオと共に、青春の匂いを記憶と感情ごと結晶化する方法を探り、母への想いと青春の記憶を込めた唯一無二の結晶を作り上げる。 　受験を迎え、僕は青春の終わりとアオとの別れに葛藤するが、彼女の「青春は前に進むためにある」という言葉に背中を押され、無事に合格。アオは消えるが、青春の匂いと記憶は僕の中に残る。大学生となった僕は「感情の分子化」を研究し続け、「初恋抽出装置」で新たな出会いも経験する。 　やがて匂いの研究者となった僕は、青春と初恋の結晶を大切に保管しながら、人生の匂いを抽出する新たな装置と対峙する。青春の結晶をディフューザーに入れると、再びアオが現れ、僕は新しい冒険へと踏み出す。青春の匂いは、記憶とともに永遠に僕の中で生き続けるのだった。