|ＢＢＭＩ《バイオ‐ブレイン・マシン・インターフェース》―――通称、|ＭＥＩＳ《メイス》 　生体《バイオ》デバイスを脳に直接、移植することによって、人間は旧来のネット通信技術とより深く、自然に繋がることが可能となったＢ‐ＩＴ時代。 　 　香月(こうづき)比呂(ひろ)は叡凛(えいりん)高等学園に入学するため、最新ＩＴ技術やサービスを体験できる人工島―――実験特区・新世界市を訪れる。 　叡凛高等学園に入学した比呂は、幼少期に亡くなった母の『幽霊』―――電脳幽鬼(サイバーファントム)を探すため、電脳(ネット)オカルト研究部に入部することに決めていた。 　そこで出会った《深海の魔女》と呼ばれる部長の冷泉《れいぜい》柚《ゆず》、御剣《みつるぎ》大介《だいすけ》、二階堂《にかいどう》湊《みなと》の三人と共にネット上に巣食う特殊バグ――《アンノウン》を退治してゆくのだが、《アンノウン》こそがＭＥＩＳ(バイオデバイス)に不具合を生じさせ、ネットオカルトが広まる元凶となっているのだった。 　ところが比呂の親友であるアネモネは、電脳オカルト研究部とは関わらないよう忠告してきて―――