世界は今、巨大な「演算システム」によって完璧に管理されていた。感情すらもデータ化され、最適解だけが正義とされる世界。だが、突如発生した原因不明の「演算エラー」により、世界は崩壊の危機に瀕していた。そんな中、システムの中心「コード・タワー」に住まう、最高の知性を持つ「演算賢者」である少女・アリスは、自身の「感情」という解析不能なエラーデータに悩まされていた。しかし、彼女こそが、世界を救う唯一の希望。アリスは、謎の「メロディ」が響く終焉の地へ、世界のバグを「デリート」し、真実の音を奏でる旅に出る──。