とある客船の航海士だった主人公は海難で命を落とした。 しかし目を覚ますとそこは１５４０年代の瀬戸内海？！ 兄は村上水軍最盛期を築くこととなる村上武吉。 本来は存在しなかったはずの次男として生きる主人公。 風雲急を告げる戦乱の世で彼はいったい何を見る。