中学に転校してきた「僕」は、夏休みの宿題「サマー・レター」に取り組むことになった。手紙の交換相手は、無口な少女・ナギサ。彼女はどこか影があり、心を閉ざしているように見える。最初はぎこちないやりとりだったが、手紙を交わすうちに、ナギサの中に眠るある記憶と、僕の思いが少しずつ動き出していく──。