西暦三千世。世界を襲った大地震と新ウィルスによるパンデミック。これにより日本は六つのエリアに分けられ行き来が禁止された世界となる。その一つ真緑国は貴重な薬草の宝庫。これらを守る薬草師を輩出する薬草学院。いわく付きの姉は御庭番。優秀な弟は生徒として入学する。二人の入学を機に六つの国は静かに動き出していく。