愛犬ペケと夜の散歩に出かけた翔太は、神社の境内で空に浮かぶ男を目撃する。 魅入られたように、その場に生っていた赤い木の実を口にした翔太とペケは風に舞いあげられた。 体重がゴム風船ほどになってしまったのだ。 「空を飛べる。友達に自慢できる」と喜んだのもつかの間。 翌朝のニュースは、「空を飛ぶ泥棒」一色。 ――予告状まで残す、泥棒の真の目的は何か？ 次々と浮かび上がる容疑者。あてにならない警察。 翔太は秘密を抱えながらも、クラスの仲間と結成した「少年少女探偵団」とともに犯人に立ち向かう。