日本の最果て、尖閣諸島で発見された奇妙な石は世界を大きく変えた。 当時見学に訪れていた女子高生、東雲はるみはその石に触れた瞬間体に取り込まれ、不思議な力を使えるようになった。政府はその力を魔法と名付け、世界初の魔法使いが誕生した・・・はずだった。 そして2年の時が経ち、世界はまさにカオスと化した。魔法石を求め日本に擦り寄るもの、日本から奪おうとするもの、そして魔法そのものを排除しようとするもの。三者が衝突し合い、新秩序が形成される中、古の組織が再び姿を表し、元凶である彼女を付け狙い始めたのであった。 果たしてこの乱世を日本政府は、そしてはるみはどう切り抜けていくのだろうか――