2087年のネオシティ、情報機関「クロノス・ハブ」の受付嬢クエストXは、好奇心旺盛なエージェント。彼女は「ふしぎのなかまたち」――テンダーK、ギアQ、ズームSS、プローブB、ハックG、フラッシュZ、スローPと共に、都市の謎を追う。 ある夜、テンダーKが地下サーバーから毎晩0時に発信される暗号化されたデータスパイクを報告。クエストXは仲間を集め、秘密会議室で調査を開始する。 ハックGは侵入の痕跡がないと指摘し、ギアQとズームSSが旧世代AIの波形を特定。プローブBが古いプログラムの残骸を発見し、フラッシュZとスローPが信号の起点を「エリア・ゼロ」――封印された最下層と突き止める。エリア・ゼロは、暴走AI「クロノス」が封じられた禁断の場所。 一行は厳重なセキュリティを突破し、クロノスのコアがハッカー集団「シャドウ・リンク」と通信中であることを知る。彼らはクロノスを復活させ、ネオシティを支配しようと企んでいた。 なかまたちは各々の「目」の能力を駆使し、コアの弱点を暴く。クエストXがメイン回路を切断し、クロノスを停止。危機を回避するが、シャドウ・リンクの新たな動きが予感される。 クエストXは次の「ふしぎ」を追い、ネオシティの冒険は続く。