激務の果てに命を落としたプログラマー、相馬カイト。彼が転生したのは、剣と魔法が支配する異世界だった。

ある日、彼はこの世界の「魔法陣」が、かつて自分が扱ったプログラミング言語と全く同じ構造を持つことに気づいてしまう。
「――なんだ、これ。ただのレガシーコードじゃないか！」
術式の無駄を省き（リファクタリング）、間違いを修正し（デバッグ）、機能を部品化して組み合わせる（モジュール化）。現代日本の技術知識を武器に、カイトは次々と独創的な魔法を開発し、異世界の常識を覆していく。

そんな彼が魔法学園で出会ったのは、銀髪翠眼の美少女リリア。彼女は、誰もが認める規格外の魔法の天才でありながら、極度の人見知りが原因で「劣等生」の烙印を押されていた。彼女の直感的すぎる魔法は、誰にも理解できなかったのだ。

「君の魔法はバグなんかじゃない。あまりに新しすぎて、誰も仕様を理解できないだけだ」

論理（ロジック）の天才であるカイトだけが、彼女の才能の本当の価値を見抜く。
「君の才能の“取扱説明書”は、僕が書くよ」

これは、ロジカルな転生プログラマーと、直感型の天才少女が出会い、手を取り合って、世界の理不尽という名の“バグ”を修正していく、異世界ハッキング・ファンタジー。二人の出会いが、世界のソースコードを書き換える――。