石川県に住む少女・ほのかは、弟の蓮に誘われて参加したミクロサイズのレース大会で、思わぬ事件に巻き込まれる。 命の危険はないと説明された「カスタムモード」のはずが、謎のハッキングによって消滅ラインと殺人級の邪魔キャラが追加され、命の危機に晒される非常事態に。 消滅すれば命もデータも失われる極限のレース。 ゴールの瞬間にのみバックアップが取れると知った彼女は、守護霊と不思議な光の助けを借り、秒速3メートルで命懸けのコースを駆け抜ける。 果たして奇跡は訪れるのか――！