アメリカの試験研究で開発された探知不能の潜水艦アルテミスの制御がテロ集団にハッキングされる。通信衛星から偽の命令を送られて暴走を始めた。アルテミスの向かう方向には東京があった。折しもＧ７サミットの会場となっている。現在位置がわからないために全く手が出せない怪物と化していた。物理学専攻の大学院生、黒澤芽衣が大使館の駐在武官であるマッケイ大佐に頼まれてその後を追う。