東京から南に千キロ地点の孤島に存在する、独立成功（じょうごう）学園。 この学園は子供たちの手によって運営管理される、特殊なエキスパート育成校だった。 学園を監視する次世代人材育成機関――通称NETRAは、成功学園が独立する際に、危険な兵器が異物として隠されたこと、成功学園の支援者である巨大企業「叢雲」が潜入工作員を送り込み、異物を用いて何らかの行動を起こそうとしていると察知。自らも粛正委員会を結成し、対処させることを決定した。 成海孝明は新設された自治会のメンバーとして、成功学園に潜入。 NETRAが生み出した次世代人材――偉人である橘明日香や賢人である賀角述、何の変哲もない常人、御手洗寧とともに、叢雲の送り込んだ工作員、ガルガンチュアとの対決に臨む。 自治会のメンバーはまだ知らない。 成海孝明が国家の監視を受ける、最強の超人であることを。