白水高校《しらみずこうこう》２年生の神山勇人《かみやまはやと》は、放課後部活にも行けず、補習を繰り返し、退屈な毎日を過ごしていた。そんなある日、勇人は補習帰りの廊下で、１枚のノートを見つける。そのノートの表紙には『海辺ノート』と書かれていた。勇人は、何だこれ。だと思いながらも、ノートを拾い上げる。すると、突然激しい頭痛に襲われ、その場に座り込んでしまう。そんな様子を見ているかのように、違うクラスで何かと悪い噂が絶えない同級生の三好七海《みよしななみ》が現れる。そんな七海は、勇人を睨みながらノートを奪い取って去っていく。
　次の日。勇人が学校に行くと、教室内では不思議な光景が広がっていた。が、起きたことが夢だったかのように消えてしまう。なぜかその場に教室の階層も違う七海の姿を見つける。勇人は、七海に話を聞くべくに会いに行くが、昼休みは教室にいなく七海とは会えず。半ば諦めていると、七海の方から会いに来てくれるのだった。そこで、「このノートは未来を変えることができる」と七海に言われるのだった。信じれない勇人は、七海と賭けをし、その勝敗で信じるか信じないか決めると言う。
　ノートと七海に翻弄される勇人。ノートを手にした七海の目的とは。
　ノートと人間が織りなす青春ミステリー。