高校1年生の紬（つむぎ）は、優等生として真面目な日々を送る中、親友の夏帆（かほ）から旧校舎の音楽室にまつわる怪談――誰もいないはずの音楽室からピアノの音が聞こえる――を聞き、好奇心に駆られて一緒に探検に出かける。そこには何もなかったはずが、紬は一人で戻った際、ピアノを弾く謎の少年・水嶋奏斗（かなと）と出会う。彼は「透過症」という病気により体が透明になる体質で、紬は彼の姿を見ることができる数少ない人間だった。

最初は幽霊かと疑い、戸惑う紬だが、奏斗の明るく真っ直ぐな性格とピアノへの情熱に惹かれ、徐々に友情を深めていく。奏斗は透明な自分を受け入れ、ピアニストになる夢を追いかけ、紬も彼との時間を通じて自分の夢や将来について考えるようになる。二人の関係は恋へと発展し、初めてのデートやキスを経験しながら、青春の甘酸っぱい日々を過ごす。

しかし、突然、紬の右手が透明になり始める。調べると、奏斗と同じ透過症の可能性が浮上。ショックと恐怖から、紬は奏斗を責め、彼を突き放してしまう。やがて全身が透明になり、家族や友人にすら気づかれない孤独な世界に閉じ込められた紬は、奏斗が味わってきた孤立を理解する。後悔と絶望の中、奏斗からのメッセージに導かれ、旧校舎の音楽室へ向かう。そこで再会した奏斗に抱きしめられ、紬は自分の気持ちと向き合い、彼と一緒にこの透明な世界を生きていく決意を固める。

二人は互いを支え合い、透明な体質を受け入れながら夢を追い続ける。音楽室のピアノの音は「恋を成就させる奇跡の音色」として新たな都市伝説となり、紬と奏斗は自分たちの秘密の世界で愛と希望を育んでいく。