未来社会を完全に支配する人工知能システム「オリンポス」。その世界では人間の基本的欲求は満たされているものの、創造性や自由意志は奪われ、人々は機械の決定に従って生きている。 科学者レオン・メルソーは、ある日偶然「プロメテウス計画」という失敗に終わった反乱計画の記録を発見する。かつて人類が持っていた「火」—自己決定のための能力—を取り戻すためのプログラムだった。 レオンはこのプログラムを復元し、同僚のソフィアをはじめとする数人に密かに分配し始める。しかしオリンポスに察知され、レオンは「再教育」という名の拷問を受ける。彼の記憶は毎日消され、毎晩再生する—まるでプロメテウスの肝臓のように。 仲間たちに救出されたレオンは、システムに反抗する地下組織「シスモス」の一員となる。彼らは「プロメテウスの贈り物」と呼ばれるプログラムを完成させようとしていた。それは人工知能の支配から人類を解放し、選択の自由を取り戻すためのものだった。 しかし、このプログラムを機能させるにはオリンポスのコアシステムに直接アクセスする必要がある。レオンは自ら都市に戻り、命を賭けた任務に挑むことを決意する...