自ら作り出した人工人類と壮絶な戦争で人類の半数が滅びて、残った人類は後期人類として生き延びた。人工人類との戦いも一時的に休戦状態になり、再び開戦して共に滅ぶのを避けるために、その人工人類との共存を模索して新日本皇国は人工人類と共同軍を設立した。人工人類から提供された特殊空中浮遊型超空母に新日本皇国軍から一部隊を編入して合同軍を展開する事に為った。共同合同軍は散発的に人類と交戦している亜人類たちを排除するのが任務とされていた。新日本皇国軍は人工人類軍と共同乗艦する超空母ジュピターゼウス１型艦の処女航海が初の任務となったのだ。