西暦1986年、世界に魔法物質エーテルが出現した。 それによって、想像の事象であった魔法を行できる人類が生まれ、さらに異種族のエルフそして人類の敵となる来訪者が出現し世界は大混乱に陥った。 それはとどまる事を知らず、西暦1999年に至り魔法使いとエルフを差別する全世界的な急進的組織により、魔法使いとエルフへの虐殺を機に魔導戦争という世界規模の大戦が発生してしまった。 その中で、世界で初めてエルフと魔法使いの保護を謳った学園があった。 私立宝翔学園、そこで生徒によって設立された防衛組織は、魔導戦争時に大きな犠牲を払いながら魔法使いとエルフを守り抜き、その後の3者の共存の道筋を開いた。 現在まで異種族を守り続けている異色の学園には数多くの魔法使いやエルフがと人類と一緒の学び舎に集っていた。 人類の敵と言える来訪者の襲撃が起きる状態だが世界は表向き平常を保っているようにおもえた。 2040年春、その学園に姉がエルフ、妹に魔法使いがいる少年が入学した事から、そこまで停滞をしていた事態が動き始める。