魔獣、魔魚、魔蟲、魔樹、魔鉱……地球上のあらゆるものが魔力を獲得し進化した未来では、人類だけが魔力を獲得できずにいる。それでも魔力を求めると、破壊衝動に身を任せる魔人になってしまう……。
　そんな人類が見放されたハードな時代で、魔獣から人々を守る『エルフの魔人』という都市伝説が、日本の首都『新京都』でまことしやかに噂されていた。
　その正体は、普通の男子中学生・星埜重護と、死んだ妹の背後霊、朔夜である。人間の兄に霊魔の妹が憑依することで、魔法を扱えるようになり、人々を陰から守っていたのだ。
　重護は、朔夜の死の真相を探るべく、魔導の最先端を学べる学校『国立新京都魔導高等専門学校』――略称『京魔高専』を受験。入学を果たす。
　竜巫女・竜胆玲奈、剣聖・刀城葵、女王蟲・翅橋翡翠、魔術師・海原小夏、荊姫・芹澤結芽……学生でありながら従魔契約という魔物との一心同体を果たした先輩たちと共に、重護は、危険な思想を持つ組織『現人神々(あらびとかみがみ)』との戦いに身を投じることになる。
　その戦いの中で、重護は朔夜の死の真相に迫っていく……！