環境悪化により、人々が地上のコロニーで暮らす未来。 舞台は、学生たちが万物を運営し、想いを現実に創造する【ARC】能力が息づくコロニー：【スクールヤード】。 主人公のシオン・ヴィオレットは、二年前の事故で亡くした幼馴染への哀しみを胸に、それでも前を向いて日々を過ごしていた。 その平穏な日常は突如として破られる。レジスタンスの襲撃に巻き込まれたシオンの前に現れたのは――二年前、確かに死んだはずの幼馴染、ソーヤ・フォルガット。 突然帰ってきたソーヤとの再会を喜ぶシオンだったが、失われた日々を取り戻すことを望む彼女たちの前に、コロニー全体を飲み込む巨大な陰謀が立ちはだかる。 失われたはずの幼馴染との未来を取り戻すため、シオンの戦いが今、始まる――。