この世界にはありえないような世界が存在する。今、我々が見ているものとは異なるもう一つの世界がそこにはあるのだ。
そんな世界で人々を守るべく戦う人がいる。それが内閣府の特別機関、通称「お祓い屋」である。
お祓い屋に意図せず所属することになった主人公は、その異能を使って世界をどうするのか。