四季折々の美しい自然に彩られる彩凪藩。秋も深まる頃、若き藩士である橘環は、藩主の密命を受け、隣国・墨染藩との緊張が走る国境地帯、暁峰連山の奥深くへと調査に赴く。朴訥ながらも内に強い意志を秘めた環は、供の若党・弥助と共に、険しい山道を進む。そこでは、息を呑むほど美しい紅葉が燃える一方で、国境を越えてくるかもしれない脅威への警戒が常に求められた。

　山中で予期せぬ霧と日暮れにより道に迷った環は、霧の奥から微かに聞こえる清らかな音に導かれるように、古びた鳥居のある場所に辿り着く。そこは、夕陽に照らされた紅葉が錦織りなす、静寂に包まれた古社の境内だった。そして環は、白い小袖に緋袴をまとった一人の巫女・小夜が、一心に神楽舞の稽古に打ち込む姿を目撃する。風に舞う一枚の真っ赤な楓の葉が、彼女の肩にひらりと舞い降りたその光景は、環の心に鮮烈な、そして生涯忘れ得ぬ印象を刻みつけた。

　木花咲耶神社と名乗るその社で一夜を明かすことになった環。小夜の自然への深い知識と慈しみの心、そして神社の神秘的な雰囲気に触れ、武骨な彼の心にはこれまでに感じたことのない安らぎと温かい感情が芽生え始める。別れ際に小夜から手渡された一枚の紅葉の葉は、環にとってかけがえのない宝物となった。

　城下の日常に戻った環の心には、常に小夜の面影が焼き付いていた。鍛錬にも身が入らず、父の形見である影笛を手に取り、切ない音色を夜空に響かせる日々。一方、小夜もまた、環の朴訥ながらも誠実な人柄に心惹かれていく自分に気づき始めていた。

　しかし、二人の淡い想いには、武士と神に仕える巫女という越えがたい身分の壁が立ちはだかる。さらに、環の幼馴染であり、藩の重臣の息子である野心家の藩士・松平義明もまた、その美しさと『天啓の巫女』と噂される小夜の特別な力に興味を抱き、彼女に接近しようと画策し始める。

　時を同じくして、彩凪藩と隣国・墨染藩との間では、水利権を巡る緊張が日増しに高まり、藩内には不穏な空気が流れ始めていた。環は、藩士としての務めと、小夜への募る想いとの間で深く葛藤する。やがて彼は、藩の、そして自らの運命を揺るがす大きな渦の中へと、否応なく巻き込まれていくことになるのだった。