宇宙世紀0079年。地球連邦とジオン公国の間で勃発した一年戦争は、宇宙コロニー「サイド7」にも戦火をもたらした。 混乱の中、連邦軍の新型モビルスーツ「ガンダム」の起動に関わる重要なデータを、幼馴染のアムロ・レイから託された少女、フラウ・ボゥ。しかし、ジオン軍の襲撃による爆発で二人は離散。アムロの安否は不明となる。 奇跡的に生き延び、避難民と共に連邦軍の輸送艦ペガサス（ホワイトベース）に乗り込んだフラウ。彼女が持ち込んだデータによってガンダムは起動に成功するも、本来のパイロットであるはずのアムロは不在（あるいは、搭乗できたとしても早々に戦闘不能となり戦線離脱）。 迫り来るジオンの追撃。艦には、ガンダムを動かせる正規パイロットはいない。 絶望的な状況の中、フラウはアムロの想いと仲間たちを守るため、そして自分にできることを模索する中で、自らガンダムのコックピットに座ることを決意する。 昨日までごく普通の民間人の少女だったフラウ・ボゥ。 初めて握る操縦桿、初めての戦場、そして初めて敵を討つことへの恐怖と葛藤。 彼女は、アムロが残したかもしれない僅かな手がかりと、ガンダムという白い翼の圧倒的な力、そして何よりも大切な人々を守りたいという強い意志を胸に、過酷な運命に立ち向かっていく。 赤い彗星シャア・アズナブルとの宿命的な対峙。 「トドメを刺さなかったことを後悔する」という不吉な予言。 艦内での孤立と仲間たちとの絆。 そして、行方知れずのアムロへの想い――。 これは、特別な力を持たない一人の少女が、戦争という非情な現実の中で、傷つき、迷い、それでも蒼穹の彼方へと羽ばたこうとする物語。 「白い悪魔」とは異なる、もう一つの「白い翼」の戦いが、今、始まる。