前章『EX-ARMエクスアーム』から5年後、日本全域を襲った「東京ブラックアウト」を経て暗黒時代へ突入した東京。SMCD(特殊凶悪犯罪課)に配属された新人警官、天守マツリは闇の世界を中心に売買される超兵器「EX-ARM」を追っていた。東京を壊滅させた世紀の大悪人”夏目アキラ”への憎しみを募らせる彼女の前に現れたのは…!?EX-ARMの根源へ至る、真実がついに明かされる!