雷の異能を受け継ぐ名門・鳴神家。 鳴神家の四男である鳴神翔太郎は、一族の中で劣等生とされ、落ちこぼれとして蔑まれていた。 しかし、運命は突如として牙を剥く。 謎の組織『夜空の革命』が村を襲撃し、一夜にして全てを焼き尽くした。 絶望の中、翔太郎は奇跡的に生き延びるが、家族も故郷も失った彼は、孤児院を運営する剣崎大吾という一人の男に拾われる。 それから数年後。翔太郎は孤児院で鍛錬を積み、日本中のエリート異能力者の高校生たちが集う『零凰学園』へと推薦生として転入する。新たな仲間たちと出会い、熾烈な戦いと陰謀の渦に巻き込まれていく。 ──もう誰も泣かせない為に、雷鳴と共に少年は戦場を駆ける。