西暦24世紀。中央都市軍の特殊強化兵（ES）として砂漠での単独任務に従事する狙撃手JJ・ベノアは、突如として中央都市へと呼び戻される。訓練生時代のライバル、天才ES・斎木瑛司が昏睡状態に陥っているというのだ。 軍上層部は、エリートの斎木を失うことはなんとしても避けたいらしい。 瑛司の意識を取り戻すため、ＪＪは最新技術とＥＳの特殊能力で彼の精神世界に潜入する任務を命じられる。 だが果てしない砂漠と化した瑛司の意識世界で、ＪＪは戦死したはずの元相棒・カイと再会する。カイを通じて明らかになるのは、彼らが潜入任務で発見した、とある機密の存在だった。 己の存在の意味を問い続ける若者らが辿り着く、旅路の果てにあるものとは。