中学二年生の神久(しんく)瑠美恵(るみえ)は、ある日、パソコン室で大きな白い卵を見つける。不注意からその卵を孵らせてしまうと、中から皇帝ペンギンの赤ちゃんのような見た目をした生き物が生まれてきた。 　そこに同級生の出見(でみ)極(きわむ)が現れ、瑠美恵が孵らせてしまったのは電脳ペット・エンジェルを生み出すエンジェル・エッグだと聞かされる。エッグから生まれたエンジェルは卵を孵らせた者のデータを元に形成され、搭載されたAI（人工知能）によって成長する仕組みとなっていた。 　本来なら出見のデータを読み込ませるはずが、瑠美恵のデータを元に生まれてしまったエンジェル。その責任をとるため、瑠美恵は出見の代わりにエンジェルの面倒を見ることになる。 　瑠美恵はエンジェルにキュー太郎と名付け、立派なエンジェルに成長するよう、育てようと奮闘するが……。