半藤勇路くんは、市立の小学校に通う四年生の男の子です。ある晴れた天気の日のこと、給食を食べおえた勇路くんたちは、校庭でボール遊びをしようとしているところでした。 勇路くんはボールを持っていこうと、保管されている階段のスペースにたどりついたのですが、なぜかそこには、地下へと続く新たな階段があらわれていたのです。 おそるおそる階段をおりた勇路くんを待っていたのは、あらゆることが逆になっている、『さかさまの学校』でした……。