オラクルのAIコアを破壊し、チップ支配からルナヴェルを解放したカイと仲間たち。

復興の希望に輝く街で、魔法と科学の融合が新たな未来を築くが、神聖塔の廃墟下に眠るバックアップコアの残骸が復活の兆しを見せる。
オラクルの残党、リーダー・クロノスがコアを再起動し、魔力を混沌と敵視して再支配を企む。
カイは魔導石で微弱な魔力を覚醒させ、アイラに制御を学びながら、ミラの解析、レンの潜入技術、ハヤトのガジェットで脅威に立ち向かう。
魔法復活による社会の偏見と復興の混乱を乗り越え、誰も殺されない世界を目指す新たな戦いが始まる！