舞台はスチーム東京、魔都となっている東京で会社員「藤岡和哉」はエクトプラズムにより動く「ロイド」の女の子「シオン」を助ける。彼女の目的は亡くなった兄のため故郷でバイオリンを弾きたいというものだった。シオンそのものは博物館レベルの代物であり、目的を果たした後は、藤岡に本体を譲るということで、藤岡と紫苑は追手から逃れて蒸気列車に乗ってダムへと向かう。