警視庁公安部公安第四課内に設立された第三係。設立当初から、暴走する正義によって引き起こされた事件を捜査してきた彼女たちが今回相手取るのは――レヴァイアサンの反抗者である。 前作から五か月。アメリカで起こった大規模テロに世界が揺れる中、日本はどこか不安定ながらも安穏とした日常が繰り広げられていた。三係の面々も、日々の仕事に忙殺されつつもその日常を謳歌していた。 そんな中、三係の面々と戦った刑事、鶴屋は地下鉄の駅である行為を目にする……。