東京都門字（もじ）市御頭街（おがしらまち）。この街では「デュエル・デュラハン」というスマホ内のデータユニットを使って遊ぶバトルホビーが流行していた。デュエル・デュラハンとは様々な首無し騎士たちがプレイヤーの選択した頭部を装着したり、付け替えたりして闘うゲームだ。カードやフィギュア、テレビゲームなど幅広く商品展開をしており、テーマパークも開業している大型コンテンツだ。 主人公 空野道人（そらのみちと）はブーメランとデュエル・デュラハンの事が大好きな中学1年生。幼馴染の愛歌（あいか）や友達の大樹（たいじゅ）とほぼ毎日デュエル・デュラハンで遊んでいる。 ある日、道人と大樹がデュエル・デュラハンで遊んでいると謎の雷が落ち、御頭街は大規模な停電が発生。大樹とのバトルは中断し、家に帰る事になる。急用ができたと途中で愛歌は去り、1人になった道人はその帰り道、不思議な少女に出会う。その少女から気になる発言を聞いた道人は彼女と一緒にテーマパークの実験エリアに行く事になる。するとそこでは二体のデュラハンが現実世界で戦っていた！しかも片方のデュラハンを従えて戦っているのは道人の幼馴染の愛歌！謎のデュラハンに苦戦を強いられる愛歌のデュラハン「トワマリー」。愛歌の命が脅かされた時、道人は覚醒し、適合者が見つからずに地下に眠っていたデュエル・デュラハン「ジークヴァル」と出会う！ 道人が大切なものを守ると「決意」した時、ジークヴァルは「ディサイド・デュラハン」と化す！ 道人とジークヴァルの地球存亡をかけた長き戦いが今、始まる！頭着せよ、ジークヴァル！