主人公の「私」はノーチラス島の博物館で幽霊調査の依頼を受ける。幽霊が出没するという天文台を訪れた私とコノハ助教は、そこで恐るべき事態に遭遇する（本作は構成の都合上、ノーチラスノートIIを読了後に読まれることをお勧めします）。