ゲーム好きの少年・天野友樹は学校帰りにゲームセンターで遊ぶ毎日を送っていた。ある日、シューティングゲーム「アンダーセイバー」で最高得点をたたき出し、世界中からゲーマーが集まるeゲームの世界大会が開催されることになる。天野は日本チームに入って世界の競合チームと戦い優勝する。世界大会を主催するファルコ・グループの代表アランから地底人の侵略から人類を守る「リトルファイター・プロジェクト」への参加を求められる。地下鉄で前線基地へと向かうと、そこには実物のアンダーセイバーが配備されており、友樹はリモートコントロールで操縦して地底人との戦いが始まる。