美咲は、「人ではないもの」を見ても無視しなさいと幼い頃から祖母に教えられて育った。彼女はその教えを守り、日常にひそむそれらとの距離を保ちながら静かな日常を送っていた。しかし、ある日、寂れた祠で消えかけていた土着神と出会う。神は力を失い、消えゆく運命に瀕していて、美咲に助けを求める。

戸惑いながらもそのお願いを聞き入れる美咲は、八百万の神々との交流を始める。神々との絆を深め、彼女は自分に宿る力を少しずつ理解していく。しかし、彼女の平穏な日常に変化が訪れる。

ある日、美咲の視界の端に新たな異形の影があらわれる。その場に居合わせたクラスメイトの男子がその異形を目撃し、精神的な異常をきたしてしまう。