学校や職場などに噂されている怖い話。ネットをザワつかせている都市伝説。地方に伝わる恐ろしい伝承や妖怪。それらが、本当に現代の人間を襲い始めたとしたら…。
現時点、生きている人間のなかで最強にして最悪の陰陽師・道川 明星（みちかわ みょうじょう）が、ラクしたいという身勝手な理由か国家を抱き込んだ魑魅魍魎ばっこするVRゲームを創った。
高校二年の 伊田 空月（いだ あづき）は、転校してきてまもない薬袋 真白（みない ましろ）に強引に誘われ、明星が創ったVRゲーム『魔都★妖刀夜行』を始める。
そのゲームが普通なわけがなく、空月と真白は現実とゲーム内の双方で、奇々怪々な出来事に巻き込まれていく。