突如として現れたミサイルにより荒廃した日本。 ミサイルにより広範囲にばらまかれたウィルスによって国民のほとんどが凶暴化した。国としての機能のほとんどを失った日本で生存者達は自分達を守りながら生きながらえている。明日の死がすぐ隣にいる環境で。そうした生存者が作る集団の1つであり、連合軍サイドの生存者による武装集団「レジスタンス」の偵察隊副隊長を任されるシェリーが少しずつ真相へと近づいていくストーリー。 タイトルの「山羊の歌」とはTragedy(悲劇)の語源より。