ここ御神楽市には古くから伝わる祭があった――それは聖妖祭。 その儀では神から選ばれた姫巫女が、精霊神の代行者となり、神の加護が付与された4つ調理品を作り、人々に振る舞う。そして人々は姫巫女に感謝し、想いを共にするのである――そんな伝承がかつてあったのだ。 風化した伝説が語り継がれる街、御神楽市に暮らすパティシエを目指す少年・雨蔵雫。彼は将来有望な才を持ち、若くしながら類稀な実力と才能があったが、師である母親を亡くしてしまい、お菓子作りの意義を無くしそうになっていた。 そんな時、 母親の遺言書が見つかる。何かがあるかもしれないと、それに従い、伝説の精霊がいるとされる桜華神社を訪れる。そこで御神木に宿る世界樹の精霊を名乗る少女・ラチカと出会う。 彼女はかつての伝承。女神の使いであり、新たな巫女姫見つけるために現れた存在であり、聖妖祭を成功させなければ、豊穣を司る世界樹は枯れて、街の人々に災いが訪れるという。 最初は断ろうとした澪だったが、亡くした母が過去に巫女姫候補に選ばれながらもその使命を果たせなかったことを知り、自分が母の遺志を継いでみせることを決意するのだった。 しかし、巫女姫は古来より、女性でなければ選ばれないため、澪はしきたりに乗っ取り女性に姿を変えられる。戸惑う彼に巫女姫として4つの神器の詮索と信仰を取り戻すために澪は男でありながら巫女姫として奔走することになる。 しかし、何の手かがりもなく途方にくれる澪の前に、『ますかれーど』の店長・魅島薫子が現れる。彼女もまた、かつて巫女姫に選ばれながらも、とある事情から拒絶した人物だった。 彼女の下で働き、手がかりを探しながら製菓技術をさらに磨く。そんな提案を快諾する彼に課せられたのはネット配信で巫女姫としてのPR活動を行いつつメイド喫茶で働くことであった！ これは、才能がありながら挫折した少年が、雲のような消えかがった伝承と、眠りについてしまった過去の記憶。謎と神秘に彩られた街で出会う、個性豊かな人々とちょっと不思議な事件。