地球到着まであと十年。 宇宙を旅する移民船団ノアは、正体不明の戦艦に襲われる。 一人生き残ったレオは、千五百年前に消滅したはずの天球儀船プトレマイオス号に不時着する。 そこは戦乱の時代を迎えようとしているファンタジー世界。 現実と仮想の境界が曖昧な世界だった。 レオは両親からの最後のメッセージと不思議なペンダントを頼りに、襲撃で命を落とした姉の仇と謎の人物を探す旅に出る。 旅の中で出会った舟神の神子や行商人の少女と共に、レオは驚くべき真実に近づいていく。 住人たちは誰一人として、宇宙船の中で暮らしていることを知らない。 皆、地球に住んでいると信じている。 歴史、科学、文化が改ざんされていることを誰も知らない。 そして、プトレマイオス号が巨大な実験場であり、破滅の道へ向かっていることを誰も知らない。