風穴島を舞台にした奇譚が幕を開ける。神主の柿本清貴は、神社で落ち葉を掃きながらカラスから来訪者の情報を得る。島に向かう船には、陰陽師の藤原葵と人形の草助が乗っていた。葵は島に封印された強力な悪霊を退治するため、霊感に導かれてやって来たのだ。風穴神社で出会った二人は、軽妙な柿本と自信満々の葵という対照的な性格を見せる。島の異変を探る中、柿本は葵を祠へ案内するが、晴天の中突然の雷鳴が響く。不穏な空気が漂う島で、葵は謎を解く決意を固め、物語は不思議な展開へと進む。