現実世界でプログラマーだった主人公は、ある日不可解な事故に遭い、目を覚ますと異世界の“バグ”として転生していた。この世界は一種のシステムによって成り立っており、主人公はプログラムを改ざんする力を持つが、同時に「世界の破壊要因」として追われる存在となる。

最初は自身の力に戸惑うが、次第に世界のシステムを解析し、制御できるようになっていく。しかし、彼の存在は“世界修復者”たちの標的となり、討伐対象として命を狙われることに。さらに、世界の根幹に関わる“崩壊プログラム”が発動し、主人公は自らを犠牲にして世界を救う選択を迫られる。