日本では杉から発生したスギ花粉による影響で花粉症患者が増大。事態を重く見た政府はこれに対処するため、スギ花粉を無効化するワクチンの開発を命令。 実験の末に研究所はサメから作ったワクチンを開発。花粉の悩みから解放されたと喜んだのも束の間、ワクチンを接種した人間が次々とサメになる奇病が発生、ウィルスシャークの誕生である。 それと同時期、スギ花粉はワクチンに耐性をつけ巨大化し進化、スゥギカフゥンへと進化を遂げた。 ウィルスシャークとスゥギカフゥンの熾烈な戦いが幕を開ける。