女帝歴１０００年――西暦にして約５０００年。科学技術の進歩により、人類は同性だけで子を授かる技術を編み出した。女性の身体能力が上がり、機械によってほとんどの事が成し遂げられるようになった世界において、男という存在は必要無くなり絶滅した。そんな中、ただ一人『男性』の遺伝子を持って生を受けた少女ミカドは、自分の生まれた意味を知るために旅立つ――その行為が、世界に対する反逆者となることも知らずに。