2040年。地熱エネルギーを利用すべく地底掘削を試みた人類は、地下で未知の生物と邂逅する。 それらは地表に進出後、人類に対し敵対行動に出る。 そして2050年、世界総人口の99.9%を失い人類は滅亡寸前に追い込まれた。 そんな中、少子高齢化対策で秘密裏にクローン開発を進めていた日本ではある兵器が実戦投入される。 名を『マキナ』。死んでも脳さえ持ち帰れば前日の記憶を移植し、前線に立ち続けるクローン兵器である。 『マキナ』のアイと指揮官。滅亡へ進む世界で、二人の心が交差する――