高校2年生の深宮蒼は幼い頃の事故で記憶を失い、孤独に生きていた。ある日、彼は偶然瀕死の老人と「魂契約」を結び、その能力と記憶の一部を借り受ける。それをきっかけに蒼は自分が「轉魂使い」という特殊な能力者であることを知る。轉魂とは、他者と契約して一時的に能力や記憶を借用できる稀有な力だった。

蒼の前に現れた怨霊のような少女・夜宮綾音は、彼に「七大魂器」と呼ばれる伝説の器を集めるよう導く。それらには蒼の失われた記憶と家族の手がかりが眠っているという。

旅の中で蒼は、感情を失った美しき刺客・雪村千冬や、かつての幼なじみという天才術者・葉月奏人と出会い、共に行動するようになる。魂器を求める道のりで、彼らは「魂器回収機関」という謎の組織と対立。特に零番隊と呼ばれる精鋭との激しい戦いを繰り広げる。