高校受験に失敗した石川真琴の将来はニート確定。 そんな時、受けた覚えもない学校から一通の合格通知が届いた。 そこは世界平和を維持する為の『エージェント』を育成するための学校。 そんな事も知らずに入学してしまった真琴は波乱の日常を送ることになる。 退学すれば、高校受験に全失敗した無職ニートの出来上がり。 順当に卒業しても、国家を守るエージェントになる未来が待ち構えている。 究極の二択。 真琴はどちらを選択するのか——。 タイトルは『エージェント×(クロス)アカデミー』と読みます。