病弱な少年として短い生涯を終えた彼は、死後の世界で女神ミレディアと出会う。彼は前世で義賊として活動していたが、その行いが罪とみなされ、死後の世界で審判を受けたのだった。ミレディアは彼が罪を償ったため、新たな世界への転生を告げる。
異世界に赤子として転生した彼は桐生レイジと名付けられ、幼い頃から自我を持ち、ひそかに魔力の研究を続ける。魔導書や師の剣術指導を通じて研鑽を積み、やがて魔剣士としての才を開花させる。そして16歳になった彼は、魔剣士総合学園へと入学する。

しかし、学園での生活が始まると同時に、異変が起こる――
深夜0時、突如として世界の時間が停止し、学園内に聳え立つ謎の塔「クロノス」が出現。鐘の音が響く中、彼を含む選ばれた者だけが時間の停止を免れ、クロノスへの挑戦を強いられる。クロノスの中では正体不明の存在「グリム」が徘徊し、試練の突破を阻む。
クロノスの最奥にいるグリムの魔導核を破壊するか、選ばれた者が戦闘不能になれば、時間は元に戻る。しかし、クロノスは一定の周期で再び現れ、試練は繰り返される。そして、12回目の試練の最奥で待つのは、かつて世界を平和に導いた英雄王神威ユウ。ユウが語る世界の真実とは何なのか？

転生し、魔剣士としての道を歩むレイジは、クロノスの試練を通じて自らの運命と向き合うことになる――

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