あのＩＤＷ社版タートルズが帰ってきた！無念の死を遂げた前世から生まれ変わった親子たち、ミュータントタートルズとスプリンター。彼らは仲間とともにニューヨークに迫る脅威…狡賢い猫のミュータント、ホブや危険な怪物スラッシュ、そして異星からの侵略者クランゲを退けてきた。そんな彼らの前に残った敵は…前世からの因縁深い悪のニンジャ、シュレッダー！謎の女幹部キツネの正体とは？囚われの身となったレオナルドの運命は？新たなタートルズの歴史が今、ここから動き出す！