水樹文音（あやね）の両親はイギリスに海外赴任中。 しかし中学生途中で行くのは厳しいと悩んでいたところに助け舟を出したのが文音の祖父。会社を定年退職したら始めたいと思っていたカフェを始めた。 文音は手伝いをしながら、祖父の家の一室に引越し、そこから学校に通うことを選択。 祖父の家から中学校へは隣接しているため、通学時間が徒歩３分と文音としては願ったり叶ったり。 そのカフェと校舎の間、学校の片隅にぽつんと１本だけある桜の木には代々生徒たちに伝わる話がある。 そのひとつが「幼馴染みにあの木の下で告白すると……」 文音にも幼馴染みはいる…いや、いた。 そんな彼が突如として文音の前に現れた。 でもなぜか文音を避けている。認識は間違いなくしているのに…。 どうして……？　何があったの？　 理由を知った文音は奇跡を信じて動き始めた……。